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                piRNAclusterDB 2.0数据库
                栏目:最新研究动态 发布时间:2021-11-11
                piRNA簇数据库2.0版本,包括来自51个物种的350+个SRA数据集,总共包含15000+个piRNA簇。这组物种包含软体动物......

                PIWI 相互作用 RNA (piRNAs) 及其※配对的 PIWI 蛋白保护动物种系免受】转座因子的侵害,并⊙在生育中发挥关键作用。过去的大量研究发现了piRNA通路的许多其他功能,包括基因调控、抗病毒防御和体细胞转座子抑制。此外,跨系统发育组的比较分析表明 PIWI/piRNA系统进化迅速,并表现出很大的进化可塑性。

                为促进对跨组织●和物种的piRNA产生位点的调控和进化的研究,piRNA簇数据库(https://www.smallrnagroup.uni-mainz.de/piRNAclusterDB)应运而生,其中包含@来自12个物种的100+SRA数据集。

                近年来,小RNA测序数据量急剧增加,而对piRNA通路和piRNA表达的理解也在不断增长。根据这一进展,近期发布了piRNA簇数据库2.0版本,包括来自51个物种的350+SRA数据集,总共包含15000+piRNA簇。这组物种包含软体动物、节肢动物、鱼类、两栖动物、爬行动物、鸟类和哺乳动物。该数】据库相关文章发表在Nucleic Acids Research期刊(IF=16.972


                   首页界面如下,首先选择物种,物⊙种选择器,以交互式系统发育树和表格形式展示有□关分类、
                piRNA簇数量等信息。选∮择物种后,用户可以在cluster浏览器部分沿着所选物种的所有数据ω 集浏览产生piRNA的位点。同时可以单独选择和取消选择每个SRA数据集,以生成跨不同』数据集、组织或发育阶段的piRNA簇表达的自定义视图。

                数据库还包含piRNA BiologypiRNA Cluster PredictionA Short Manual的门户模块▽,介绍piRNA生物功能,筛选。