染色质免疫共沉淀

         研究蛋白质与DNA在染色质环境下的相互作用╲是阐明真核生物基因表达机制的基本途径。染色质免疫沉∞淀技术（chromatin immunoprecipitation assay, CHIP）是目前唯一研究体内DNA与蛋白质相』互作用的方法。它的基本原理是在活细胞状态下固定蛋白质－DNA复合物，并※将其随机切断为一定长度范围内的染色质小片段，然∏后通过免疫学方法沉淀此复合体，特异性地富集目的蛋白结合的DN***段，通过对目的片断的纯化与检测，从而获得蛋白质与DNA相互作用的信息。CHIP不仅可以〓检测体内反式因子与DNA的动态作用，还可以用【来研究组蛋白的各种共价修饰与基因表达的关系。

ChIP实验操作流◇程：
1、样品准备与交联
细胞收集〖后，用1%的formaldehyde处理细胞，交联核酸与DNA结合蛋白；
2.超声打断※染色质
裂解细胞，用超声波将染色质超声破碎成200－1000bp片断；将片⊙段分为两份，一份用于免疫共沉淀，一份用于对照。
　　　 　
                                 

     图1染色质免疫共沉淀实→验流程           图2　超声破碎后DNA电泳图（lane2） 

3、免疫共沉淀(IP) 
取B步骤所得一份片断与ChIP特异抗体结︾合进行免疫共沉淀，利用免疫磁珠法富集抗体复合物。
4、解¤交联及纯化DNA
将富集的DNA/蛋白复合物解交联释放DNA片段，并■进行纯化（IP DNA）；B步骤所得用于对照（Input DNA）的片断作不ω进行IP实验，但也要解交联并纯化。
5、DNA段PCR扩增
针对ChIP DNA, Input DNA及对照DNA的目的片段设计特异性引物并进行荧光定量PCR扩增。
 6、结果分析
%Input=2(CtInput-CtChIP)×Fd×100%
Fold Enrichment = [%(ChIP/Input)] / [%( Negative control/Input)]